تحسين DOP-PCR (iDOP-PCR): WGA قوي وبسيط
نوضح هنا طريقة DOP-PCR المحسنة (iDOP-PCR). لقد قمنا بتعديل طريقة DOP-PCR الكلاسيكية باستخدام بوليميراز DNA ثابت حراريًا جديدًا (بوليميراز SD) مع
في إحدى الدراسات، فشلت طريقة DOP-PCR مع كميات DNA المنخفضة، وأظهرت طريقة DOP-PCR المحسنة (تسمى iDOP-PCR)، مع تحقيق حساسية تصل إلى 15 بيكو جرام، نسبًا عالية من ADOs (46%) وADIs (4%)
تحسين DOP-PCR (iDOP-PCR): WGA قوي وبسيط
تحسين DOP-PCR (iDOP-PCR): طريقة WGA قوية وبسيطة لتضخيم الحمض النووي الجينومي ذي عدد النسخ المنخفض بكفاءة
قدمت iDOP-PCR جودة أفضل لمكتبات الحمض النووي المضخمة مقارنة بطرق WGA الأخرى التي تم اختبارها، وخاصةً عند استخدام كميات قليلة من الحمض النووي الجينومي كطريقة
تحسين DOP-PCR (iDOP-PCR): WGA قوي وبسيط
تحسين تفاعل البوليميراز المتسلسل DOP-PCR (iDOP-PCR): طريقة WGA قوية وبسيطة لتضخيم الحمض النووي الجينومي ذي عدد النسخ المنخفض بكفاءة. كونستانتين أ. بلاغوداتسكيخ. لقد وجدنا أن تجميع البيانات الخام
تُستخدم تقنيات تضخيم الجينوم الكامل (WGA) لتضخيم الحمض النووي ذي عدد النسخ المنخفض، وخاصة لتضخيم الجينوم أحادي الخلية والنسخ.
تحسين DOP-PCR (iDOP-PCR): WGA قوي وبسيط
تحسين تفاعل البوليميراز المتسلسل DOP-PCR (iDOP-PCR): طريقة WGA قوية وبسيطة لتضخيم الحمض النووي الجينومي منخفض النسخ بكفاءة. Konstantin A Blagodatskikh، Vladimir M Kramarov، Ekaterina
تفاعل البوليميراز المتسلسل DOP-PCR [7]، دورات التضخيم المتعددة القائمة على التلدين والحلقات (MALBAC) [8] وتقنية PicoPlex [9]. إن مبدأ تفاعل البوليميراز المتسلسل DOP-PCR هو استخدام برايمر واحد يحتوي على
تحسين DOP-PCR (iDOP-PCR): طريقة قوية وبسيطة
2 27 الملخص 28 تُستخدم تقنيات تضخيم الجينوم الكامل (WGA) لتضخيم غير محدد للحمض النووي منخفض النسخ 29، وخاصة للجينوم أحادي الخلية و
الإشارة: 2 تُستخدم تقنيات تضخيم الجينوم الكامل (WGA) لتضخيم غير محدد للحمض النووي منخفض النسخ، وخاصة للجينوم أحادي الخلية وتضخيم النسخ. هناك عدد من طرق تضخيم الجينوم الكامل التي تم تطويرها على مر السنين. أحد الأمثلة هو تفاعل البوليميراز المتسلسل المتحلل الأولينوكليوتيد (DOP-PCR)، وهو بسيط للغاية،
- هل DOP-PCR طريقة جيدة لـ WGA؟
- على الرغم من اعتبار DOP-PCR أحد الطرق الرائدة لـ WGA، إلا أنه يوفر تغطية جينومية منخفضة ومعدل تسرب أليل مرتفع عند مقارنته بالتقنيات الأكثر حداثة. هنا نصف DOP-PCR محسنًا (iDOP-PCR).
- لماذا يعد IDOP-PCR أفضل من طرق WGA الأخرى؟
- باختصار، قدم iDOP-PCR جودة أفضل لمكتبات الحمض النووي المضخم مقارنة بطرق WGA الأخرى التي تم اختبارها، خاصةً عند استخدام كميات قليلة من الحمض النووي الجينومي كمادة إدخال.
- ما هو DOP-PCR المحسن (IDOP-PCR)؟
- هنا نصف DOP-PCR محسنًا (iDOP-PCR). لقد قمنا بتعديل تقنية DOP-PCR الكلاسيكية باستخدام بوليميراز DNA ثابت حراريًا جديدًا (بوليميراز SD) مع نشاط إزاحة قوي للخيوط ومن خلال التعديلات في تصميم البادئات.
- كيف يبدو IDOP PCR؟
- تظهر الكروموسومات بألوان حمراء وزرقاء متناوبة. للوهلة الأولى، يبدو iDOP-PCR وكأنه نسخة مختلفة قليلاً من طريقة DOP-PCR، ولكن استخدام بوليميراز DNA مع نشاط إزاحة قوي للخيوط، بدلاً من بوليميراز Taq، يسمح بتعزيز أداء WGA للطريقة بشكل كبير.
- هل تعمل تقنية IDOP-PCR على تحسين جودة مكتبات DNA المكبرة؟
- تم تقييم مكتبات DNA المكبرة من خلال تحليل النمط الجيني للتكرار المترادف القصير وبيانات NGS. باختصار، قدمت تقنية iDOP-PCR جودة أفضل لمكتبات الحمض النووي المضخمة مقارنة بأساليب WGA الأخرى التي تم اختبارها، وخاصةً عند استخدام كميات قليلة من الحمض النووي الجينومي كمادة إدخال.
- كيف تعمل تقنية DOP PCR؟
- يتلخص مبدأ تقنية DOP-PCR في استخدام برايمر واحد يحتوي على تسلسل عشوائي مركزي. تبدأ تقنية DOP-PCR بعدة دورات تضخيم مسبقة عند درجة حرارة أولية منخفضة للتسخين، مما يسهل تسخين البرايمرات العشوائية. ثم يتبع التضخيم المسبق تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل لهذه الشظايا الأولية من الحمض النووي.
